İHA'nın beyni olan uçuş kontrolörü, uçuş verilerinin işlenmesinden ve uçuş komutlarının yürütülmesinden sorumludur. Üst düzey uçuş kontrol cihazları genellikle birden fazla uçuş moduna (GPS konumlandırma ve tutum modları gibi) ve akıllı engellerden kaçınma özelliklerine sahiptir, bu da onları profesyonel uygulamalar için uygun kılar. GPS modülü, hava fotoğrafçılığı ve araştırma gibi yüksek hassasiyetli konumlandırma gerektiren senaryolar için özellikle önemli olan hassas konumlandırma bilgileri sağlar.
